Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHOX2O60902 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHOX2O60902 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms