Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL354893.2-201ENST00000423075 529 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CCDC153-204ENST00000503566 1295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC100850.1-201ENST00000506768 649 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC084859.1-201ENST00000533002 670 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL031600.1-201ENST00000563610 570 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AP003096.1-203ENST00000564469 563 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC007861.2-201ENST00000573819 571 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC099684.2-201ENST00000574520 870 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL096828.3-201ENST00000615354 462 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 FP565260.5-201ENST00000623188 479 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AP1M2-201ENST00000250244 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 HSPA6-201ENST00000309758 2371 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CCND3-215ENST00000511642 2394 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 BCL9L-201ENST00000334801 10005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 WASHC2A-203ENST00000351071 4642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 GEM-201ENST00000297596 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 TMCC3-201ENST00000261226 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 DDC-214ENST00000622873 1839 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CTCFL-208ENST00000432255 2955 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MKS1-201ENST00000313863 2091 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIG1P18858 HMGCL-203ENST00000374490 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AP3M2-202ENST00000396926 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 LAMB2-202ENST00000418109 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ABI2-215ENST00000430418 1676 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 GIPC3-201ENST00000322315 4335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 RAPGEF1-202ENST00000372190 6045 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MSH5-202ENST00000375740 2669 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MKRN1-201ENST00000255977 3151 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 SLC43A3-214ENST00000529554 2207 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 DUSP28-202ENST00000405954 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MSH2-206ENST00000543555 3024 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 COL22A1-201ENST00000303045 6346 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 SMIM11A-203ENST00000399299 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL157902.1-202ENST00000425010 763 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL163636.1-201ENST00000554286 915 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC012568.1-201ENST00000558463 472 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL118558.3-201ENST00000607414 1079 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CNTNAP2-225ENST00000639247 2064 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 LINC00174-204ENST00000421767 4702 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 LRRC32-201ENST00000260061 4207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 COLCA2-202ENST00000526216 1332 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AAR2-201ENST00000320849 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 RET-205ENST00000615310 4337 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AL359845.1-201ENST00000458202 1648 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ATXN2L-215ENST00000564304 3514 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MORC4-202ENST00000355610 3834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 FLNA-207ENST00000422373 8486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 RNF220-203ENST00000361799 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 RNF220-204ENST00000372247 3010 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 TMPRSS3-203ENST00000398405 2754 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ACO1-203ENST00000541043 3618 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 NIPAL3-202ENST00000339255 1676 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 RAPH1-202ENST00000319170 9808 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CPNE2-204ENST00000565874 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIG1P18858 THSD4-201ENST00000261862 3133 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 FAM224B-201ENST00000458667 2032 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 NRXN1-207ENST00000404971 7578 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ANO7-202ENST00000402430 2652 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 LINC00658-202ENST00000420529 1542 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ST6GAL1-201ENST00000169298 4645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 GSDMA-201ENST00000301659 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AP001062.1-201ENST00000448927 4354 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ALCAM-201ENST00000306107 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 CALB1-201ENST00000265431 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 RNF144A-AS1-203ENST00000426122 579 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 LINC01248-201ENST00000458264 468 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC113192.2-201ENST00000525320 308 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC104982.3-201ENST00000581995 514 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms