Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 ETNPPL-202ENST00000411864 2028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MARK2P9-201ENST00000430958 1727 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC011474.4-201ENST00000623523 2076 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CLCN4-201ENST00000380829 2418 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SERPINA1-209ENST00000449399 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MDM1-205ENST00000430606 2170 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LCN6-201ENST00000341206 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 RHOC-205ENST00000369636 786 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 RHOC-207ENST00000369638 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 FAM213A-204ENST00000372188 829 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TSC22D3-202ENST00000372382 1216 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 IQCF4-202ENST00000422896 745 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC008443.1-202ENST00000506340 687 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SEPHS2P1-201ENST00000511618 1162 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AP005899.1-201ENST00000579467 544 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PACRG-AS3-203ENST00000614038 1246 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CR382285.1-201ENST00000625012 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CDIP1-205ENST00000563332 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SLC9B1-201ENST00000296422 1879 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MAP2K1-201ENST00000307102 3410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 FAM153C-201ENST00000398106 1510 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC023794.5-201ENST00000564380 2157 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 ELN-208ENST00000380575 3043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 FERMT3-202ENST00000345728 2481 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 DNAJB13-201ENST00000339764 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MTG2-201ENST00000370823 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 APOD-201ENST00000343267 1130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 CST1-202ENST00000398402 655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MRPS12-202ENST00000402029 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LAMTOR4-202ENST00000441173 730 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 ANKRD2-204ENST00000455090 1072 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 RN7SL846P-201ENST00000467429 292 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MUSTN1-202ENST00000486659 622 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 AC103736.1-201ENST00000524410 605 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MED11-202ENST00000573708 802 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 ZNF737-204ENST00000596797 569 ntTSL 4 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TRPV4-201ENST00000261740 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PIGS-203ENST00000395346 2815 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 PDE1B-207ENST00000550620 2150 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 KIAA1683-209ENST00000612316 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 DIS3L2-205ENST00000409401 2048 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 TCL1A-201ENST00000402399 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 LINC02486-201ENST00000604157 3000 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
TCOF1Q13428 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PODN-207ENST00000618387 3065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 DDX41-208ENST00000507955 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 GJD2-201ENST00000290374 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 RNF145-202ENST00000424310 3613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 LINC00969-231ENST00000597482 1476 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 MAGEC3-205ENST00000544766 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC020917.4-201ENST00000623994 1999 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
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TCOF1Q13428 ALDH3B1-201ENST00000342456 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 INO80C-202ENST00000334598 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 WFDC5-202ENST00000372789 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AL355482.2-201ENST00000428646 1145 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CLDN25-201ENST00000453129 754 ntAPPRIS P1 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SMUG1-221ENST00000514196 553 ntTSL 4 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 FXYD6-208ENST00000529335 708 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 FBXO36P1-201ENST00000579006 471 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC020904.3-201ENST00000624199 442 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 AC110057.1-201ENST00000636031 898 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ITPK1-207ENST00000555495 3035 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 HMOX2-216ENST00000613539 1703 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 HSPA6-201ENST00000309758 2371 ntAPPRIS P1 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 RIN2-202ENST00000440354 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CXorf40A-212ENST00000514208 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CCT3-201ENST00000295688 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 NMNAT3-202ENST00000339837 1863 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TCP11L1-209ENST00000531632 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 WARS2-202ENST00000369426 2811 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 CSF3-204ENST00000394149 1583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TCOF1Q13428 TMEM63B-202ENST00000323267 3198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
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