Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.321e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 PIGP-206ENST00000430792 803 ntTSL 522.8■■□□□ 1.241e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 PIGP-208ENST00000479152 648 ntTSL 320.27■□□□□ 0.841e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.821e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.811e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.741e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.561e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.411e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.41e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.381e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 ACD-207ENST00000602622 2526 ntTSL 217.38■□□□□ 0.371e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 ACD-212ENST00000602860 1858 ntTSL 517.22■□□□□ 0.351e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 AC004223.3-201ENST00000593039 1638 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.121e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 ACD-211ENST00000602850 883 ntTSL 515.61■□□□□ 0.091e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 AC004223.3-202ENST00000591723 676 ntTSL 514.72□□□□□ -0.051e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 TPM4-202ENST00000344824 1417 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 TPM4-205ENST00000586833 558 ntTSL 512.81□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 PIGP-202ENST00000360525 6998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.17□□□□□ -0.941e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 TPM4-207ENST00000588032 712 ntTSL 39.05□□□□□ -0.961e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 TPM4-215ENST00000592138 635 ntTSL 28.87□□□□□ -0.991e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 TPM4-203ENST00000586193 545 ntTSL 37.12□□□□□ -1.271e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 PIGP-204ENST00000399102 688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.541e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 TPM4-210ENST00000588507 367 ntTSL 34.52□□□□□ -1.691e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 TPM4-214ENST00000591645 653 ntTSL 33.96□□□□□ -1.781e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 PIGP-205ENST00000399103 656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.47□□□□□ -1.851e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 PIGP-201ENST00000329667 562 ntTSL 23.18□□□□□ -1.91e-6■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 SLC25A11-204ENST00000574710 2176 ntTSL 222.62■■□□□ 1.211e-8■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.141e-8■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.261e-8■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 SLC25A11-205ENST00000576951 893 ntTSL 511.52□□□□□ -0.571e-8■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 SH3D21-202ENST00000474766 2043 ntTSL 1 (best)22.42■■□□□ 1.184e-18■■■■■ 41.7
SF3A3Q12874 MICALL2-208ENST00000472100 5248 ntTSL 219.66■□□□□ 0.749e-7■■■■■ 41.7
SF3A3Q12874 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.519e-7■■■■■ 41.7
SF3A3Q12874 MICALL2-202ENST00000413446 3046 ntTSL 214.78□□□□□ -0.049e-7■■■■■ 41.7
SF3A3Q12874 EFTUD2-219ENST00000590977 2422 ntTSL 29.77□□□□□ -0.841e-9■■■■■ 41.6
SF3A3Q12874 EFTUD2-205ENST00000586276 3678 ntTSL 28.82□□□□□ -11e-9■■■■■ 41.6
SF3A3Q12874 TIMM44-205ENST00000597926 819 ntTSL 315.06■□□□□ 04e-10■■■■■ 41.6
SF3A3Q12874 TIMM44-207ENST00000598675 744 ntTSL 311.9□□□□□ -0.54e-10■■■■■ 41.6
SF3A3Q12874 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.046e-12■■■■■ 41.6
SF3A3Q12874 ARHGEF16-207ENST00000485984 2340 ntTSL 218.98■□□□□ 0.631e-6■■■■■ 41.5
SF3A3Q12874 CANX-205ENST00000502673 1000 ntTSL 59.81□□□□□ -0.849e-9■■■■■ 41.5
SF3A3Q12874 CCNL2-216ENST00000488340 1598 ntTSL 221.16■□□□□ 0.982e-7■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 CCNL2-213ENST00000481223 2815 ntTSL 220.13■□□□□ 0.812e-7■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.732e-7■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 CCNL2-218ENST00000496007 4452 ntTSL 215.16■□□□□ 0.022e-7■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 FNIP1-205ENST00000615660 6589 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.082e-7■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 USP11-204ENST00000377107 3515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.133e-6■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 USP11-206ENST00000469080 3467 ntTSL 1 (best)13.43□□□□□ -0.263e-6■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 USP11-212ENST00000497179 900 ntTSL 513.42□□□□□ -0.263e-6■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 RAB5C-209ENST00000552162 551 ntTSL 413.31□□□□□ -0.283e-17■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 RAB5C-208ENST00000551338 560 ntTSL 211.78□□□□□ -0.523e-17■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 FNIP1-203ENST00000510461 3845 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.642e-7■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 USP11-201ENST00000218348 3338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.73e-6■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 FNIP1-201ENST00000307954 6366 ntTSL 1 (best) BASIC6.32□□□□□ -1.42e-7■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 AC008695.1-201ENST00000514667 6393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.11□□□□□ -1.432e-7■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 FNIP1-202ENST00000307968 6388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.65□□□□□ -1.52e-7■■■■■ 41.4
SF3A3Q12874 VARS-225ENST00000482996 728 ntTSL 312.26□□□□□ -0.453e-7■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 IVNS1ABP-207ENST00000480769 3776 ntTSL 1 (best)3.62□□□□□ -1.831e-10■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.112e-7■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 PIGG-202ENST00000383028 2787 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.185e-7■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 PIGG-208ENST00000504346 3019 ntTSL 2 BASIC14.43□□□□□ -0.15e-7■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 PIGG-203ENST00000453061 3218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.215e-7■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 PIGG-201ENST00000310340 3203 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.35e-7■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.373e-6■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.213e-6■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.193e-6■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.973e-6■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 SOAT2-202ENST00000542365 1797 ntTSL 217.95■□□□□ 0.463e-6■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 BRF1-212ENST00000547562 2405 ntTSL 216.3■□□□□ 0.23e-6■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 USP19-205ENST00000398898 4474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.21e-7■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 USP19-208ENST00000453664 4719 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.061e-7■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 USP19-206ENST00000417901 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.061e-7■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 COMT-207ENST00000412786 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 214.45□□□□□ -0.13e-6■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.113e-6■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 COMT-201ENST00000207636 1319 ntTSL 513.78□□□□□ -0.23e-6■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.23e-6■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 USP19-204ENST00000398896 3907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)11.91□□□□□ -0.51e-7■■■■■ 41.3
SF3A3Q12874 PLK1-205ENST00000564794 683 ntTSL 515.11■□□□□ 0.018e-7■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.527e-7■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 LMBR1L-205ENST00000547670 1866 ntTSL 1 (best)17.42■□□□□ 0.387e-7■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 LMBR1L-202ENST00000417750 2334 ntTSL 217.28■□□□□ 0.367e-7■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 LMBR1L-206ENST00000547675 581 ntTSL 514.84□□□□□ -0.037e-7■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 LMBR1L-203ENST00000457164 1081 ntTSL 214.84□□□□□ -0.037e-7■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 LMBR1L-216ENST00000550867 2800 ntTSL 1 (best)14.51□□□□□ -0.097e-7■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 LMBR1L-201ENST00000267102 2934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.177e-7■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 PRMT5-210ENST00000553550 580 ntTSL 318.6■□□□□ 0.578e-8■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 PRMT5-212ENST00000553787 579 ntTSL 418.15■□□□□ 0.58e-8■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 PRMT5-215ENST00000554716 561 ntTSL 417.83■□□□□ 0.448e-8■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 PRMT5-219ENST00000555530 837 ntTSL 511.66□□□□□ -0.548e-8■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 PRMT5-221ENST00000556043 603 ntTSL 34.27□□□□□ -1.738e-8■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 CCNL2-220ENST00000505849 1503 ntTSL 215.43■□□□□ 0.064e-7■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 CCNL2-214ENST00000482365 2620 ntTSL 214.21□□□□□ -0.134e-7■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 CCNL2-204ENST00000418865 3082 ntTSL 1 (best)11.7□□□□□ -0.544e-7■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 EIF4A2-216ENST00000468362 1356 ntTSL 25.95□□□□□ -1.469e-17■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 EIF4A2-222ENST00000492144 993 ntTSL 25.31□□□□□ -1.569e-17■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 EIF4A2-213ENST00000465792 734 ntTSL 24.12□□□□□ -1.759e-17■■■■■ 41.2
SF3A3Q12874 MICALL2-211ENST00000487156 874 ntTSL 516.61■□□□□ 0.254e-7■■■■■ 41
SF3A3Q12874 MAU2-202ENST00000262816 3838 ntTSL 211.93□□□□□ -0.52e-7■■■■■ 41
SF3A3Q12874 MAU2-209ENST00000587938 3695 ntTSL 510.44□□□□□ -0.742e-7■■■■■ 41
SF3A3Q12874 NR5A1-203ENST00000455734 826 ntTSL 313.51□□□□□ -0.258e-11■■■■■ 40.9
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