Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
MSH3P20585 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH3P20585 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH3P20585 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH3P20585 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH3P20585 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH3P20585 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH3P20585 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH3P20585 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH3P20585 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH3P20585 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
MSH3P20585 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
MSH3P20585 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH3P20585 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH3P20585 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH3P20585 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH3P20585 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
MSH3P20585 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
MSH3P20585 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSH3P20585 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSH3P20585 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSH3P20585 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
MSH3P20585 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH3P20585 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH3P20585 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH3P20585 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH3P20585 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH3P20585 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH3P20585 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH3P20585 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH3P20585 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
MSH3P20585 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH3P20585 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH3P20585 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH3P20585 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH3P20585 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH3P20585 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH3P20585 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH3P20585 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH3P20585 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH3P20585 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH3P20585 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH3P20585 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH3P20585 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms