Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS4BO75351 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS4BO75351 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS4BO75351 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS4BO75351 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS4BO75351 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS4BO75351 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS4BO75351 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS4BO75351 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms