Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SPATA21-206ENST00000612240 603 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MLXIPL-203ENST00000354613 3215 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 TIGD1-201ENST00000408957 2625 ntAPPRIS P1 BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 DLX3-201ENST00000434704 2602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 RGS22-201ENST00000360863 4296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CRCP-203ENST00000395326 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CACNA1G-222ENST00000510366 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CACNA1G-227ENST00000513964 6735 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC012617.1-204ENST00000586340 2305 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 OXA1L-202ENST00000358043 1750 ntTSL 2 BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MAGEA4-202ENST00000360243 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MAGEA4-203ENST00000370335 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MAGEA4-204ENST00000370340 1773 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 HAGLR-202ENST00000416928 4235 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SNED1-201ENST00000310397 8174 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MAP7-204ENST00000454590 3119 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CCNE1-202ENST00000357943 1641 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 NUMA1-234ENST00000620566 7012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 TBX3-202ENST00000349155 4723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 DYRK1B-202ENST00000348817 2448 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MKRN2-201ENST00000170447 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MYO9B-201ENST00000397274 7532 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ADAT1-201ENST00000307921 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 NAXD-201ENST00000309957 2659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 RAB11FIP1-206ENST00000524118 1959 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ABAT-213ENST00000567812 1959 ntTSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CDK3-201ENST00000425876 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CDK3-202ENST00000448471 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 NMUR1-201ENST00000305141 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 DHX37-201ENST00000308736 4550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ELAC2-201ENST00000338034 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 NTN4-201ENST00000343702 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 DGCR8-201ENST00000351989 4514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 RAPGEF1-201ENST00000372189 6085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 HBP1-212ENST00000485846 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SYNGR1-204ENST00000381535 1295 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 NRSN2-201ENST00000382285 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PRPS2-205ENST00000489404 763 ntTSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 RFTN1-203ENST00000432519 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PROM2-203ENST00000403131 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 DNAJB6-201ENST00000262177 2527 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SSTR1-201ENST00000267377 4295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 LRRFIP1-204ENST00000392000 3365 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SLCO2B1-203ENST00000428359 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ARPIN-201ENST00000357484 7591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 DBN1-203ENST00000393565 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MAPK4-206ENST00000592595 4330 ntTSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC011462.1-202ENST00000540732 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CETP-203ENST00000566128 1733 ntTSL 5 BASIC12.65□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 GDAP1L1-207ENST00000612599 2585 ntTSL 3 BASIC12.65□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 TMEM120B-204ENST00000449592 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 MPZL1-203ENST00000392121 3421 ntTSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 C1orf228-218ENST00000458657 1818 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.65□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 CD3EAP-202ENST00000589804 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 CAMK2B-217ENST00000457475 4142 ntTSL 5 BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 MBD1-201ENST00000269468 3259 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 ATG14-201ENST00000247178 4742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 AC148477.2-201ENST00000537762 3039 ntTSL 3 BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 GOPC-202ENST00000368498 4450 ntTSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 DLG4-203ENST00000399510 3975 ntTSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 RNF43-201ENST00000407977 5516 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 CDC42SE2-202ENST00000395246 3485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 C17orf53-201ENST00000245382 2272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 SEMA3F-202ENST00000413852 3212 ntTSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 ETV4-203ENST00000538265 2147 ntTSL 2 BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 ZBTB7B-207ENST00000535420 3777 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 CYB5RL-201ENST00000287899 5777 ntTSL 3 BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 PITRM1-206ENST00000451104 3183 ntTSL 2 BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 ANKRD36BP2-202ENST00000421951 1899 ntTSL 3 BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 PLEKHO2-201ENST00000323544 3720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.39
CCDC54Q8NEL0 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms