Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PCM1-201ENST00000325083 6820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 USP47-207ENST00000527733 4525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TPCN1-214ENST00000550785 5345 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 KRT18P9-201ENST00000604826 1300 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SNRPN-203ENST00000400097 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PPIE-202ENST00000356511 1079 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL583805.1-201ENST00000391389 531 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL139339.1-201ENST00000411906 657 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC005392.1-201ENST00000419624 500 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CSHL1-205ENST00000438387 566 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC068134.1-201ENST00000441266 481 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AP000358.1-201ENST00000456260 156 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 LRRC75A-AS1-209ENST00000481027 1016 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 LINC00461-207ENST00000506978 564 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 NAPSB-201ENST00000525179 678 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 IFITM1-204ENST00000528780 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AP000911.1-202ENST00000532706 543 ntTSL 4 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AP000842.2-201ENST00000533033 517 ntTSL 4 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 LINC02440-201ENST00000545276 680 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 C12orf10-207ENST00000549488 840 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TGIF1-218ENST00000551402 1089 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 RBM8B-201ENST00000555532 525 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC093752.3-201ENST00000567343 901 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MIR3677-201ENST00000578964 60 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC010754.1-201ENST00000582300 1061 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 LRRC75A-AS1-226ENST00000582911 879 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FAM104A-206ENST00000583024 417 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FBXL12-202ENST00000585379 956 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FXYD6-FXYD2-202ENST00000614497 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 OSER1-201ENST00000255174 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MUM1-201ENST00000415183 2837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PPFIBP1-216ENST00000545334 2805 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 STEAP2-201ENST00000287908 6873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PRF1-201ENST00000373209 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AP4E1-201ENST00000261842 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 OPA1-205ENST00000361908 6439 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AXIN2-201ENST00000307078 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HSPB7-202ENST00000375718 2415 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 KIAA1191-201ENST00000298569 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ACAN-202ENST00000439576 8840 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 DLX6-202ENST00000518156 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZCCHC17-202ENST00000373714 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FAM151A-202ENST00000371304 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ACSF2-202ENST00000427954 2251 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PRICKLE1-201ENST00000345127 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TMEM258-207ENST00000543510 1692 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 EEF1A1-202ENST00000316292 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZNF333-209ENST00000601134 1392 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 YTHDF3-205ENST00000539294 5163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SETD1B-203ENST00000604567 5969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 UBE3C-202ENST00000389103 1626 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FCHO1-206ENST00000594202 3214 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZNF618-201ENST00000288466 9109 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 RASSF5-201ENST00000577571 3496 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CLIC5-208ENST00000544153 2051 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MBP-201ENST00000354542 575 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PSMB10-201ENST00000358514 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TNNT2-202ENST00000360372 969 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TNNT2-204ENST00000367317 1050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL512430.1-201ENST00000392575 860 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TNNT2-209ENST00000421663 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AP000696.1-201ENST00000457669 1133 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MPZL3-203ENST00000525386 973 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FKBP11-212ENST00000552878 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FOS-204ENST00000554617 796 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC040162.4-201ENST00000574912 1185 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MIR3188-201ENST00000583494 85 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PIN1-207ENST00000588695 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC018755.3-203ENST00000597710 411 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC138894.2-201ENST00000602838 371 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC005632.3-201ENST00000605544 308 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC087392.5-201ENST00000612517 489 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MIR6842-201ENST00000612539 65 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 YRDCP1-201ENST00000621419 643 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ASGR1-201ENST00000269299 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FH-201ENST00000366560 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms