Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
VPS54Q9P1Q0 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS54Q9P1Q0 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS54Q9P1Q0 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms