Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
EXOSC4Q9NPD3 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC20.4■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
EXOSC4Q9NPD3 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
EXOSC4Q9NPD3 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms