Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHFRQ96EP1 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHFRQ96EP1 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHFRQ96EP1 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHFRQ96EP1 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHFRQ96EP1 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHFRQ96EP1 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHFRQ96EP1 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHFRQ96EP1 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHFRQ96EP1 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHFRQ96EP1 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHFRQ96EP1 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHFRQ96EP1 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHFRQ96EP1 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms