Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL4A3Q01955 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL4A3Q01955 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL4A3Q01955 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms