Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG3P49916 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG3P49916 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG3P49916 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG3P49916 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG3P49916 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG3P49916 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG3P49916 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG3P49916 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG3P49916 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIG3P49916 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIG3P49916 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG3P49916 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG3P49916 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG3P49916 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG3P49916 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG3P49916 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG3P49916 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG3P49916 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG3P49916 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG3P49916 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG3P49916 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG3P49916 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG3P49916 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG3P49916 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG3P49916 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG3P49916 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG3P49916 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG3P49916 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG3P49916 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG3P49916 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG3P49916 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG3P49916 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG3P49916 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG3P49916 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG3P49916 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG3P49916 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG3P49916 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG3P49916 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG3P49916 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG3P49916 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG3P49916 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG3P49916 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG3P49916 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG3P49916 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIG3P49916 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIG3P49916 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIG3P49916 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIG3P49916 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIG3P49916 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIG3P49916 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
LIG3P49916 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
LIG3P49916 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIG3P49916 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIG3P49916 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIG3P49916 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIG3P49916 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
LIG3P49916 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIG3P49916 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIG3P49916 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIG3P49916 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms