Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms