Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC30.47■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
HOXC9P31274 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC30.41■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
HOXC9P31274 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC30.36■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC30.36■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC30.36■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC30.33■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
HOXC9P31274 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms