Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VIMP08670 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VIMP08670 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VIMP08670 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VIMP08670 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VIMP08670 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VIMP08670 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VIMP08670 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VIMP08670 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VIMP08670 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VIMP08670 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VIMP08670 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VIMP08670 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VIMP08670 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VIMP08670 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VIMP08670 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VIMP08670 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
VIMP08670 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
VIMP08670 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VIMP08670 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VIMP08670 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VIMP08670 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VIMP08670 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VIMP08670 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VIMP08670 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VIMP08670 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VIMP08670 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VIMP08670 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VIMP08670 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VIMP08670 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VIMP08670 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VIMP08670 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VIMP08670 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VIMP08670 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VIMP08670 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VIMP08670 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VIMP08670 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VIMP08670 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VIMP08670 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VIMP08670 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VIMP08670 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VIMP08670 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VIMP08670 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VIMP08670 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VIMP08670 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VIMP08670 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VIMP08670 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VIMP08670 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
VIMP08670 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VIMP08670 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VIMP08670 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VIMP08670 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VIMP08670 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VIMP08670 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VIMP08670 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VIMP08670 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VIMP08670 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VIMP08670 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VIMP08670 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VIMP08670 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
VIMP08670 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VIMP08670 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VIMP08670 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VIMP08670 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VIMP08670 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VIMP08670 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
VIMP08670 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.22
VIMP08670 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
VIMP08670 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VIMP08670 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VIMP08670 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms