Protein–RNA interactions for Protein: O75150

RNF40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, humanhuman

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF40O75150 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RNF40O75150 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RNF40O75150 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RNF40O75150 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
RNF40O75150 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RNF40O75150 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
RNF40O75150 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RNF40O75150 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RNF40O75150 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RNF40O75150 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
RNF40O75150 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RNF40O75150 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
RNF40O75150 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RNF40O75150 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RNF40O75150 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RNF40O75150 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
RNF40O75150 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RNF40O75150 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RNF40O75150 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RNF40O75150 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RNF40O75150 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RNF40O75150 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RNF40O75150 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RNF40O75150 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
RNF40O75150 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
RNF40O75150 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
RNF40O75150 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
RNF40O75150 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
RNF40O75150 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
RNF40O75150 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
RNF40O75150 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RNF40O75150 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
RNF40O75150 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RNF40O75150 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RNF40O75150 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
RNF40O75150 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
RNF40O75150 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RNF40O75150 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RNF40O75150 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RNF40O75150 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
RNF40O75150 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
RNF40O75150 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RNF40O75150 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
RNF40O75150 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
RNF40O75150 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RNF40O75150 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RNF40O75150 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
RNF40O75150 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RNF40O75150 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RNF40O75150 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RNF40O75150 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RNF40O75150 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RNF40O75150 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RNF40O75150 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
RNF40O75150 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RNF40O75150 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RNF40O75150 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
RNF40O75150 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
RNF40O75150 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
RNF40O75150 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
RNF40O75150 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
RNF40O75150 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RNF40O75150 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RNF40O75150 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
RNF40O75150 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
RNF40O75150 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
RNF40O75150 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
RNF40O75150 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RNF40O75150 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RNF40O75150 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RNF40O75150 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RNF40O75150 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RNF40O75150 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RNF40O75150 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RNF40O75150 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RNF40O75150 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
RNF40O75150 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms