Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 NUDT1-201ENST00000339737 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 NUDT1-202ENST00000343985 771 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 TSPO2-201ENST00000373158 718 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 NCR3-202ENST00000376071 541 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 HCFC1-AS1-201ENST00000438219 350 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AC093151.3-202ENST00000445073 709 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 NOC2LP1-201ENST00000450578 752 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 PRKRA-211ENST00000487082 1211 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AC008723.1-201ENST00000506922 207 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 HDAC2-AS2-213ENST00000520891 603 ntTSL 4 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AC138230.1-201ENST00000525893 664 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AC135983.1-201ENST00000562108 1097 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 STUB1-204ENST00000564370 875 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AC145207.3-201ENST00000576784 529 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 EXOSC5-204ENST00000596905 826 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AC018635.2-201ENST00000608625 364 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 ROPN1-211ENST00000620893 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 UBE2D4-201ENST00000222402 3974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 PRDM16-206ENST00000511072 4282 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 GRAP-201ENST00000284154 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 FUK-202ENST00000378912 3925 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 POM121-201ENST00000358357 5320 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 HVCN1-202ENST00000356742 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 UACA-201ENST00000322954 6939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 PPIL3-201ENST00000286175 1370 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AGER-201ENST00000375055 1369 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 RDX-218ENST00000544551 4117 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 ASGR1-201ENST00000269299 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AL031595.1-201ENST00000623969 4709 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 COL20A1-203ENST00000422202 8097 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP9-201ENST00000393791 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 GLG1-203ENST00000447066 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 ANKH-201ENST00000284268 8203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 DACH1-204ENST00000620444 4627 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 KLHL21-201ENST00000377658 4487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 TTC7A-202ENST00000394850 4306 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 LMX1B-202ENST00000373474 5797 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 ILF2-205ENST00000615950 1906 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 HIGD1A-202ENST00000418900 1322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 FRMPD2B-201ENST00000431305 1347 ntBASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 UBE2V2-205ENST00000521346 1322 ntTSL 3 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS13-205ENST00000371916 4330 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 NLRX1-204ENST00000409991 3716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 DKK4-201ENST00000220812 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 RPAIN-201ENST00000327154 815 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 PBDC1-201ENST00000373357 977 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 CITED1-202ENST00000373619 886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 GSG1L-201ENST00000380897 1173 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AL627231.1-201ENST00000394467 1125 ntBASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AL606491.1-201ENST00000412797 483 ntTSL 3 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 PEX13-203ENST00000414712 1014 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 LINC01388-201ENST00000416242 416 ntTSL 3 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 RPL17P11-201ENST00000417593 544 ntBASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 SZRD1-203ENST00000471507 892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 RN7SL258P-201ENST00000478664 300 ntBASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 UPK1B-205ENST00000497685 981 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 SMIM23-202ENST00000523047 573 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 BHMT-206ENST00000524080 1207 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 NEU3-205ENST00000531619 582 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 MSRB3-206ENST00000535664 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 UBE3B-206ENST00000536398 1120 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 IQSEC3P1-201ENST00000538799 536 ntBASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 LINC01475-201ENST00000548010 766 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AC008133.1-201ENST00000584688 557 ntTSL 4 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 IMPA2-207ENST00000588927 787 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AL109837.1-201ENST00000603272 613 ntBASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 AC007718.1-201ENST00000621078 280 ntBASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 POLL-204ENST00000370168 1536 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 USP22-201ENST00000261497 5220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CCDC3Q9BQI4 ERGIC3-203ENST00000357394 1357 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms