Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL4A4P53420 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL4A4P53420 C12orf73-201ENST00000378090 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 HIST1H2BK-201ENST00000356950 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 TCEA3-201ENST00000374601 1197 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 STAM-202ENST00000377524 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 TMEM95-202ENST00000389982 1191 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 BAX-205ENST00000391871 687 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 KRTAP4-12-201ENST00000394014 1077 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 MPP6-202ENST00000396475 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 PPM1N-203ENST00000396737 872 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 AL356417.1-201ENST00000421161 845 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC093609.1-201ENST00000434020 952 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 CU639417.1-201ENST00000464664 460 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 RHOH-206ENST00000505618 1225 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC092612.1-201ENST00000514501 998 ntBASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 PAX5-210ENST00000520281 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 FAM167A-AS1-202ENST00000533578 1222 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC115099.1-201ENST00000570413 362 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 SKA2-205ENST00000580541 689 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC009950.1-210ENST00000594622 553 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 H2BFS-201ENST00000599962 460 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 LINC01082-201ENST00000601250 441 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 AL359091.4-201ENST00000610052 409 ntBASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC005274.1-201ENST00000623460 802 ntBASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 CELF4-217ENST00000591282 1461 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 TMEM56-RWDD3-202ENST00000604534 1491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 SLC29A4-203ENST00000406453 2734 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 C16orf45-202ENST00000452191 1865 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 GOLGA8DP-202ENST00000341390 2184 ntBASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL4A4P53420 PLSCR1-214ENST00000487389 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 BIN3-205ENST00000519513 1431 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC062028.1-201ENST00000536743 1422 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 NXPH3-202ENST00000513748 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 HNF4G-201ENST00000354370 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC010255.3-203ENST00000509403 1727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 SPACA9-203ENST00000372136 2536 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 DCUN1D2-201ENST00000332592 2626 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 VWA7-201ENST00000375688 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 HPGD-201ENST00000296521 1171 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 SUMO4-201ENST00000326669 1066 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 NQO2-204ENST00000380454 851 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC073210.1-201ENST00000414799 232 ntBASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC025171.3-201ENST00000509036 472 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 BLOC1S1-202ENST00000548556 525 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 SOCS2-AS1-204ENST00000551626 618 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC019294.2-203ENST00000569596 594 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC009163.5-202ENST00000571737 466 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC011489.1-201ENST00000586744 690 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 PRKACA-208ENST00000589994 1127 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 TUBB6-214ENST00000592683 481 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 AL136982.5-201ENST00000605222 294 ntBASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 AL451165.2-201ENST00000606971 718 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 MCM8-AS1-201ENST00000613522 983 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 ADAMTS9-AS1-216ENST00000626280 882 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 C1orf232-202ENST00000635463 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC138761.6-201ENST00000583997 1423 ntBASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 PDXDC2P-206ENST00000534700 1315 ntBASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 MUM1-201ENST00000415183 2837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 AP2M1-207ENST00000439647 1950 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 CDCA7-202ENST00000347703 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 FES-202ENST00000394300 2302 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL4A4P53420 DHRS4-AS1-204ENST00000555045 1848 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 PAF1-204ENST00000595564 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 PCBD1-201ENST00000299299 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 PRELID3B-202ENST00000371033 943 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 LY6G6E-227ENST00000409239 776 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 AL080243.1-201ENST00000423293 1060 ntBASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 LRRC3-AS1-201ENST00000426578 784 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 SMAD9-IT1-201ENST00000437983 504 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 PLSCR1-202ENST00000448787 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC117945.1-201ENST00000451375 463 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 PILRA-205ENST00000453419 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 GPX3-202ENST00000517973 612 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 C11orf45-202ENST00000524878 609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC073896.4-201ENST00000553176 403 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC092756.1-201ENST00000560248 448 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 TRAPPC2L-212ENST00000567312 499 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 CHD1L-211ENST00000639534 1144 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 MOV10L1-202ENST00000354853 1701 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 LINC00163-201ENST00000434081 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 ORC6-201ENST00000219097 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 AC106707.1-201ENST00000475981 1640 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL4A4P53420 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.9 ms