Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TUBB4AP1-201ENST00000450755 1325 ntBASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CPA5-206ENST00000474905 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TMEM14C-201ENST00000229563 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 LCE3B-201ENST00000335633 288 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CD300LG-203ENST00000377203 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PLAC9P1-201ENST00000397540 389 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AL513211.1-201ENST00000429053 483 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC012213.1-201ENST00000517376 722 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 FAM86B3P-203ENST00000523992 854 ntBASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 FXYD6-FXYD2-201ENST00000532984 670 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 MT2A-202ENST00000561491 581 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 COX5A-205ENST00000568517 582 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SNHG15-205ENST00000580458 710 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TCOF1Q13428 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 RCC2P1-201ENST00000452257 1476 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CRHR1-205ENST00000352855 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 UROS-201ENST00000368774 744 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ACTG1P19-201ENST00000418987 1116 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC004522.1-201ENST00000419978 654 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 LINC01056-201ENST00000455711 1234 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ROPN1B-203ENST00000505382 713 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC226150.1-201ENST00000544259 466 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PIGT-208ENST00000545755 1158 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 FXYD3-204ENST00000603181 758 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AL009176.1-201ENST00000607876 650 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TPRX1-202ENST00000535759 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 UBA1-202ENST00000377269 2497 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CDC42EP4-202ENST00000439510 2879 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TCAM1P-207ENST00000485295 1537 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
TCOF1Q13428 RTFDC1-201ENST00000023939 1745 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 YPEL4-201ENST00000300022 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PIGT-203ENST00000372689 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 POU6F1-208ENST00000550824 2664 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TMEM145-203ENST00000598766 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CNBP-205ENST00000500450 1516 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 EIF3F-201ENST00000309828 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PKIG-201ENST00000349959 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 HINT1-205ENST00000508488 703 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AL365275.1-201ENST00000518570 471 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PPCDC-206ENST00000564923 757 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC132825.4-202ENST00000578792 434 ntBASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC103808.3-201ENST00000579714 598 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 GARS-210ENST00000627489 324 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ZNF354B-201ENST00000322434 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CDCA7-203ENST00000410019 1488 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 GALNT16-202ENST00000448469 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 NFATC4-226ENST00000556279 2924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PES1P2-201ENST00000449745 1735 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TNNI2-201ENST00000252898 678 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 MED11-201ENST00000293777 833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TPM3-211ENST00000368531 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TNNI2-202ENST00000381905 706 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TNNI2-203ENST00000381906 745 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TNNI2-204ENST00000381911 743 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ID2-AS1-201ENST00000412712 953 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 GNG10P1-201ENST00000452289 199 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PGAM1P12-201ENST00000505622 748 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 COQ10BP2-201ENST00000513804 724 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 NUDCD2-202ENST00000517501 448 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC105219.2-201ENST00000527908 299 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 RAP1B-216ENST00000537460 1072 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AF111169.2-201ENST00000553758 721 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PTPN20CP-201ENST00000614090 920 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC011471.3-201ENST00000623576 402 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AQP7-213ENST00000624075 1270 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
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