Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MT1E-202ENST00000330439 729 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 IGHV4-39-201ENST00000390619 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LINC00265-2P-201ENST00000413372 782 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC117945.1-201ENST00000451375 463 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RN7SL375P-201ENST00000492442 298 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RORA-AS1-201ENST00000501579 761 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PAX5-210ENST00000520281 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 F11R-204ENST00000537746 1245 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AL590235.1-201ENST00000564650 861 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PPCDC-206ENST00000564923 757 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LOXL1-AS1-207ENST00000565689 735 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RN7SL121P-201ENST00000584223 273 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC012617.1-201ENST00000586345 797 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 POLR2E-204ENST00000586746 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC017033.1-201ENST00000603720 708 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AP000357.2-201ENST00000633827 597 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 DSCAM-AS1-202ENST00000427451 1640 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 HERPUD1-202ENST00000344114 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TTC39A-216ENST00000530004 1780 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ALDH4A1-205ENST00000538309 1940 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RCC1-201ENST00000373831 1577 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SLC38A6-201ENST00000267488 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 OPN1SW-201ENST00000249389 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 HIST1H2BF-201ENST00000356530 1196 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AP000354.1-201ENST00000396982 456 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ATXN8OS-202ENST00000424524 1236 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 IFI35-204ENST00000438323 1232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ASS1P2-201ENST00000439895 1223 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 GRPEL2P1-201ENST00000453145 339 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LINC00824-204ENST00000520766 597 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 VENTXP3-201ENST00000546480 773 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC023968.2-201ENST00000560593 1049 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FAM32A-204ENST00000588367 798 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AP005264.5-201ENST00000590066 467 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AL021707.6-201ENST00000609212 491 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AL121956.4-201ENST00000629925 581 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC010255.3-203ENST00000509403 1727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RHOG-201ENST00000351018 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CD68-202ENST00000380498 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LINC01671-201ENST00000419628 1775 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LINC002481-201ENST00000499502 1821 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC019109.1-201ENST00000401725 1874 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 BCCIP-203ENST00000368759 1433 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TRIM45-202ENST00000369461 2415 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LINC01029-204ENST00000583106 1465 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MFNG-202ENST00000416983 2034 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC15.83■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.3 ms