Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PRIMPOL-211ENST00000515774 2007 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 C16orf45-209ENST00000566490 1854 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SLC25A36-203ENST00000446041 4638 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 MAP7-207ENST00000616617 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 DBR1-201ENST00000260803 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CDCA7-202ENST00000347703 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 WASHC2C-208ENST00000537517 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CTSL-201ENST00000340342 1436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SSBP1-201ENST00000265304 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SNRPC-202ENST00000374017 1054 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ADARB2-AS1-201ENST00000381301 625 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ANKDD1A-203ENST00000395723 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AL589843.1-201ENST00000423924 425 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 FTLP1-201ENST00000449155 526 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AP000358.1-201ENST00000456260 156 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 EFCAB10-201ENST00000460135 717 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PPP2R1A-209ENST00000477989 444 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 RAMP3-202ENST00000481345 559 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC025154.2-201ENST00000550530 445 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SIGLEC18P-201ENST00000602271 909 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NDNF-201ENST00000379692 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NBAT1-201ENST00000566912 1940 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC138761.4-201ENST00000578881 1514 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TPGS2-201ENST00000334295 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AGPAT3-218ENST00000546158 2199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 GABRB2-205ENST00000517901 1779 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 JPH4-205ENST00000622501 3489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 VASH2-204ENST00000366966 1369 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AWAT1-201ENST00000374521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 RBM4B-206ENST00000531036 1646 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 GMEB1-202ENST00000361872 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AL031280.1-201ENST00000436991 2224 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 KRT18P9-201ENST00000604826 1300 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 C3orf52-202ENST00000431717 2054 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 USP28-214ENST00000545540 3431 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CCT8L1P-201ENST00000465400 1674 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 TMEM176B-204ENST00000447204 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC015802.1-201ENST00000588104 1449 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 RNPS1-216ENST00000565678 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 IGHV3-48-201ENST00000390624 432 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC026316.1-201ENST00000398900 414 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC098934.1-204ENST00000430114 631 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC069218.1-201ENST00000435269 762 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 TAC3-208ENST00000441881 731 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 DUTP3-201ENST00000450025 415 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC025165.3-201ENST00000471530 679 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 TMEM198B-204ENST00000484016 896 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 UPK1B-205ENST00000497685 981 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC132803.1-201ENST00000504204 493 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 LINC02417-201ENST00000542449 515 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 C12orf73-211ENST00000553183 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 SNHG21-204ENST00000559366 674 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC140658.4-201ENST00000561990 352 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 EXOSC5-204ENST00000596905 826 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 SRD5A3-AS1-211ENST00000599135 737 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC138894.2-201ENST00000602838 371 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 TAC3-211ENST00000615887 1120 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC103691.2-201ENST00000618824 433 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC051619.9-201ENST00000623237 597 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 SLC38A4-201ENST00000266579 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 AC022007.1-201ENST00000383808 1897 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 METAP2-205ENST00000546753 1862 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 UBE3C-202ENST00000389103 1626 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 ACP2-212ENST00000533929 1366 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 SV2A-201ENST00000369145 2903 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 ZFP64-201ENST00000216923 3264 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 RABIF-201ENST00000367262 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 HDAC5-202ENST00000336057 5040 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 TAF9-202ENST00000328663 1461 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 BEAN1-201ENST00000299694 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
SOX4Q06945 CDKL3-206ENST00000521118 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms