Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CDKL3-206ENST00000521118 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 LINC02021-201ENST00000504808 1608 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 BAK1P1-201ENST00000317045 636 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 S100A3-202ENST00000368713 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PPM1N-201ENST00000396735 895 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 NME4-203ENST00000397722 1232 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC112721.1-201ENST00000409162 588 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 XG-202ENST00000419513 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ASGR2-203ENST00000446679 879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PPM1N-208ENST00000456399 618 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SOX2-OT-208ENST00000477928 902 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 APOPT1-209ENST00000492189 513 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 GOLGA2P8-201ENST00000505201 779 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC011921.1-201ENST00000559739 557 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 NAMA-206ENST00000605377 509 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 NUP54-217ENST00000514987 1563 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 TRMT1-201ENST00000221504 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SPACA9-203ENST00000372136 2536 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PRF1-201ENST00000373209 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CALCB-203ENST00000533448 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ACTL8-202ENST00000617065 1670 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ACTN4-203ENST00000424234 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 LEMD1-205ENST00000367154 786 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PTGES3-203ENST00000436399 941 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC069208.1-205ENST00000456299 576 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC108462.1-201ENST00000457467 850 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 DMKN-229ENST00000467637 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 MAFTRR-203ENST00000567993 685 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SRRM2-205ENST00000570971 1132 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 RN7SL470P-201ENST00000583069 259 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 C1orf232-202ENST00000635463 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 BX640514.1-201ENST00000583223 1918 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SESN1-202ENST00000356644 2676 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AIPL1-207ENST00000574506 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 MAGED4B-202ENST00000360134 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 RPL18A-205ENST00000600147 1391 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 C19orf18-201ENST00000314391 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 MBD3L4-201ENST00000381394 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CHTF8-202ENST00000398235 1073 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 RPS27L-203ENST00000439025 970 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CSNK1G2P1-201ENST00000442675 955 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AREG-202ENST00000502307 956 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC051619.5-201ENST00000559003 736 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC005759.1-202ENST00000599416 415 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CHD1L-211ENST00000639534 1144 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 YME1L1-202ENST00000375972 2517 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 MPP2-214ENST00000523501 2121 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 MYADML2-201ENST00000409745 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ADAM23-202ENST00000374415 2714 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CDK11A-201ENST00000356200 2653 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ODCP-201ENST00000459650 1639 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SLC37A3-201ENST00000326232 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CRYBB3-201ENST00000215855 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 TMSB15A-201ENST00000289373 685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CST1-201ENST00000304749 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 TMEM176B-201ENST00000326442 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC233724.6-201ENST00000503184 1088 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CD59-210ENST00000528700 652 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 LINC02176-201ENST00000569104 598 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC020636.2-201ENST00000569170 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 RN7SL357P-201ENST00000581065 298 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC011444.1-201ENST00000587836 639 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 RPUSD2-201ENST00000315616 2358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC093797.1-201ENST00000411847 1789 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SEC13-202ENST00000350697 1425 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 STAM-202ENST00000377524 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 HOXB4-201ENST00000332503 3757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC025183.3-201ENST00000623526 1482 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
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