Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 BCAT2-203ENST00000545387 1272 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 GABRA1-201ENST00000023897 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SUCO-202ENST00000367723 5916 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 HNRNPUL1-205ENST00000593587 2725 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 GGA1-206ENST00000406772 3205 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SCN8A-202ENST00000355133 5820 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 DRC3-203ENST00000399187 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SPATS2L-209ENST00000409988 2698 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 PRDM4-201ENST00000228437 4210 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 UNC13B-206ENST00000617908 6432 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 UNC13B-207ENST00000619578 6426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 FRMD5-201ENST00000402883 4091 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CREB3L4-202ENST00000368600 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 NCOA7-203ENST00000392477 6457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 TKFC-201ENST00000394900 4696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF10C-201ENST00000356864 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CCDC32-201ENST00000358005 1704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 NBEA-204ENST00000400445 11119 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 FAM98B-202ENST00000397609 4388 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 GTF2H2C-210ENST00000510979 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 PTGES3-207ENST00000614328 2077 ntTSL 3 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 TRIO-202ENST00000344204 11100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 RSPH9-202ENST00000372165 2586 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 LTBP3-221ENST00000532932 3327 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 GMCL1-201ENST00000282570 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 VIPR1-202ENST00000433647 3161 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SLC38A9-202ENST00000396865 2927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AGPAT1-205ENST00000395497 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 PNPLA5-204ENST00000593866 2197 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 USP10-201ENST00000219473 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CFAP65-203ENST00000409865 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 KIAA0513-201ENST00000258180 7404 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MFNG-202ENST00000416983 2034 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 RCAN3-207ENST00000538532 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 MCC-202ENST00000408903 3476 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 ILDR1-205ENST00000462014 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CYP26A1-202ENST00000371531 2245 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 TPGS2-201ENST00000334295 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 NXPH1-201ENST00000405863 2921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 THY1-206ENST00000528522 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 GTF2I-215ENST00000614986 4415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 GTF2I-221ENST00000621734 4412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 SMAD2-203ENST00000402690 12075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CCDC54Q8NEL0 CDK11B-203ENST00000341832 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LINC01285-201ENST00000412422 2289 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 UVRAG-201ENST00000356136 4123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AMMECR1-203ENST00000372059 3052 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NOX5-203ENST00000448182 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 BAK1-201ENST00000360661 2132 ntTSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CD68-202ENST00000380498 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ZNF202-206ENST00000529691 3384 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ENTPD4-202ENST00000358689 5861 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 DBR1-201ENST00000260803 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ALOX15-201ENST00000293761 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PRNP-201ENST00000379440 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ZMYM3-207ENST00000373998 6067 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CACNA1G-214ENST00000505165 6633 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 FCHO1-206ENST00000594202 3214 ntTSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SLC46A1-207ENST00000612814 6376 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.3 ms