Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLIP3Q96DZ5 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLIP3Q96DZ5 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLIP3Q96DZ5 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLIP3Q96DZ5 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLIP3Q96DZ5 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLIP3Q96DZ5 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLIP3Q96DZ5 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CLIP3Q96DZ5 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CLIP3Q96DZ5 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CLIP3Q96DZ5 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CLIP3Q96DZ5 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CLIP3Q96DZ5 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms