Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 MYD88-204ENST00000421516 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)14.98□□□□□ -0.012e-7■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MYD88-202ENST00000416282 2730 ntTSL 1 (best)14.24□□□□□ -0.132e-7■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MYD88-201ENST00000396334 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.252e-7■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MYD88-203ENST00000417037 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.252e-7■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 MYD88-210ENST00000484513 3314 ntTSL 211.06□□□□□ -0.642e-7■■■■■ 35.3
UPF1Q92900 TMEM184B-205ENST00000436674 3667 ntTSL 1 (best)14.64□□□□□ -0.075e-7■■■■■ 35.2
UPF1Q92900 TMEM184B-202ENST00000361906 3611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.225e-7■■■■■ 35.2
UPF1Q92900 TMEM184B-201ENST00000361684 3593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.335e-7■■■■■ 35.2
UPF1Q92900 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.563e-12■■■■■ 35.2
UPF1Q92900 YPEL5-203ENST00000379520 2560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.513e-12■■■■■ 35.2
UPF1Q92900 YPEL5-201ENST00000261353 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.92□□□□□ -1.143e-12■■■■■ 35.2
UPF1Q92900 YPEL5-202ENST00000379519 2499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.79□□□□□ -1.163e-12■■■■■ 35.2
UPF1Q92900 YPEL5-204ENST00000402003 2197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.62□□□□□ -1.193e-12■■■■■ 35.2
UPF1Q92900 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.519e-7■■■■■ 35.2
UPF1Q92900 DGAT1-203ENST00000524965 1336 ntTSL 519.99■□□□□ 0.799e-7■■■■■ 35.2
UPF1Q92900 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.992e-9■■■■■ 35.2
UPF1Q92900 ARSD-203ENST00000458014 580 ntTSL 327.24■■□□□ 1.952e-7■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 ARSD-206ENST00000495294 2032 ntTSL 222.43■■□□□ 1.182e-7■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 ARSD-202ENST00000381154 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.082e-7■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.595e-10■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 AP1B1-208ENST00000432560 4146 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.82□□□□□ -0.25e-15■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 AP1B1-201ENST00000317368 3903 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.255e-15■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 AP1B1-202ENST00000357586 4176 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.275e-15■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 AP1B1-211ENST00000482818 3560 ntTSL 1 (best)11.48□□□□□ -0.575e-15■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 AP1B1-204ENST00000405198 3838 ntTSL 5 BASIC10.71□□□□□ -0.695e-15■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 IRAK1-210ENST00000455690 784 ntTSL 325.72■■□□□ 1.717e-9■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 TMEM245-201ENST00000374586 7980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.314e-7■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 RFNG-204ENST00000578676 1078 ntTSL 329.25■■■□□ 2.273e-12■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.192e-8■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 JPT2-209ENST00000566742 593 ntTSL 424.11■■□□□ 1.452e-8■■■■■ 35.1
UPF1Q92900 FAM213B-203ENST00000378427 2689 ntAPPRIS ALT2 TSL 221.26■□□□□ 0.993e-8■■■■■ 35
UPF1Q92900 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.613e-8■■■■■ 35
UPF1Q92900 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.573e-8■■■■■ 35
UPF1Q92900 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.53e-8■■■■■ 35
UPF1Q92900 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.383e-8■■■■■ 35
UPF1Q92900 SLC2A4-203ENST00000570783 1813 ntTSL 320.97■□□□□ 0.951e-9■■■■■ 35
UPF1Q92900 HSBP1-204ENST00000570259 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.171e-9■■■■■ 35
UPF1Q92900 SLC2A4-205ENST00000572485 2995 ntTSL 1 (best)15.62■□□□□ 0.091e-9■■■■■ 35
UPF1Q92900 SLC2A4-201ENST00000317370 3426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.161e-9■■■■■ 35
UPF1Q92900 HSBP1-201ENST00000433866 8784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.01□□□□□ -0.651e-9■■■■■ 35
UPF1Q92900 KIDINS220-208ENST00000488729 5988 ntTSL 1 (best)6.22□□□□□ -1.411e-9■■■■■ 35
UPF1Q92900 GNPNAT1-201ENST00000216410 3860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.58□□□□□ -0.46e-7■■■■■ 35
UPF1Q92900 SLC7A1-201ENST00000380752 7347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.542e-7■■■■■ 35
UPF1Q92900 TMED3-204ENST00000543455 1483 ntTSL 226.63■■□□□ 1.853e-8■■■■■ 35
UPF1Q92900 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.343e-8■■■■■ 35
UPF1Q92900 TMED3-205ENST00000558562 938 ntTSL 220.28■□□□□ 0.843e-8■■■■■ 35
UPF1Q92900 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.683e-8■■■■■ 35
UPF1Q92900 TMED3-202ENST00000424155 16555 ntTSL 3 BASIC6.32□□□□□ -1.43e-8■■■■■ 35
UPF1Q92900 LMAN2L-202ENST00000377079 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.226e-7■■■■■ 35
UPF1Q92900 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.832e-11■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 KNL1-207ENST00000531626 669 ntTSL 513.58□□□□□ -0.244e-20■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 RNPS1-213ENST00000565243 3337 ntTSL 211.5□□□□□ -0.572e-11■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 KNL1-201ENST00000346991 9573 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC7.28□□□□□ -1.244e-20■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 KNL1-203ENST00000526913 5584 ntTSL 1 (best)2.46□□□□□ -2.024e-20■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 TNIK-204ENST00000436636 6970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.214e-6■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.482e-10■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.626e-11■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 NUCB1-211ENST00000485798 938 ntTSL 321.34■■□□□ 1.011e-9■■■■■ 34.9
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UPF1Q92900 TBL2-209ENST00000450285 2209 ntTSL 1 (best)24.86■■□□□ 1.571e-11■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 TBL2-203ENST00000424598 2276 ntTSL 224.46■■□□□ 1.511e-11■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 TBL2-202ENST00000417008 1717 ntTSL 520.6■□□□□ 0.891e-11■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.221e-11■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 TBL2-213ENST00000459913 2358 ntTSL 516.4■□□□□ 0.221e-11■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.635e-16■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.915e-16■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 CARHSP1-208ENST00000567554 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.595e-16■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 DNAJB12-204ENST00000461919 2369 ntTSL 2 BASIC14.31□□□□□ -0.123e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.122e-27■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 URGCP-MRPS24-201ENST00000603700 795 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.562e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 URGCP-213ENST00000497914 4360 ntTSL 1 (best)16.84■□□□□ 0.292e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 URGCP-207ENST00000453200 4042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.072e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 SYK-203ENST00000375751 4936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.182e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 C22orf34-204ENST00000414287 2197 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.252e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 SYK-204ENST00000375754 5005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.262e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 URGCP-201ENST00000336086 5658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.412e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 AC116366.3-201ENST00000638452 7893 ntAPPRIS ALT2 TSL 512.28□□□□□ -0.444e-6■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 URGCP-202ENST00000402306 3563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.542e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 URGCP-205ENST00000443736 3596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.19□□□□□ -0.622e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 SYK-201ENST00000375746 4990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.642e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 RAD50-201ENST00000378823 8306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.644e-6■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 SYK-202ENST00000375747 4908 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.11□□□□□ -0.792e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 FAM217B-201ENST00000358293 5152 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC9.23□□□□□ -0.932e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 FAM217B-202ENST00000360816 5036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC8.89□□□□□ -0.992e-8■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 AC116366.3-203ENST00000639899 8173 ntTSL 57.67□□□□□ -1.184e-6■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 AC116366.3-205ENST00000640655 8032 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.18□□□□□ -1.264e-6■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 AC116366.3-202ENST00000638568 7956 ntAPPRIS ALT2 TSL 56.42□□□□□ -1.384e-6■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 AC116366.3-204ENST00000638504 7262 ntAPPRIS P5 TSL 56.1□□□□□ -1.434e-6■■■■■ 34.9
UPF1Q92900 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.761e-8■■■■■ 34.8
UPF1Q92900 NAT14-205ENST00000592719 545 ntTSL 524.19■■□□□ 1.461e-8■■■■■ 34.8
UPF1Q92900 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.391e-8■■■■■ 34.8
UPF1Q92900 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.57e-14■■■■■ 34.8
UPF1Q92900 ARMCX3-201ENST00000341189 3730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.352e-8■■■■■ 34.8
UPF1Q92900 ARMCX3-207ENST00000537169 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.932e-8■■■■■ 34.8
UPF1Q92900 ERMP1-206ENST00000489219 3293 ntTSL 1 (best)16.44■□□□□ 0.227e-14■■■■■ 34.8
UPF1Q92900 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.862e-7■■■■■ 34.8
UPF1Q92900 BRD4-203ENST00000371835 4624 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.553e-8■■■■■ 34.8
UPF1Q92900 MFSD12-207ENST00000588626 525 ntTSL 324.55■■□□□ 1.526e-8■■■■■ 34.7
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