Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXD9P28356 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
HOXD9P28356 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXD9P28356 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms