Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 REV1-202ENST00000393445 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 PLOD2-202ENST00000360060 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 SLC6A2-201ENST00000219833 2858 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 KRT74-203ENST00000549343 2858 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 PTGES3-207ENST00000614328 2077 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 LIG1-202ENST00000427526 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC114271.1-201ENST00000612689 2813 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 POLM-201ENST00000242248 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 MAGED4B-201ENST00000335504 2578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 ADAM19-203ENST00000517905 3312 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 NAPB-202ENST00000398425 3824 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AFF3-203ENST00000409579 4342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 B4GALT3-201ENST00000319769 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 ENG-202ENST00000373203 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 CSRNP2-201ENST00000228515 4471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 GFAP-201ENST00000253408 3135 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 ZNF7-203ENST00000525266 1874 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 USH1G-202ENST00000614341 3558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 SDK1-210ENST00000615806 10258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 LRCH3-203ENST00000425562 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF9-230ENST00000637178 2145 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 ATG9B-203ENST00000469530 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC244197.3-201ENST00000422081 2635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 NR4A2-209ENST00000426264 2642 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 CYTH1-215ENST00000591455 3286 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 EIF3CL-201ENST00000380876 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 SAMD4B-201ENST00000314471 4519 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 NDRG2-251ENST00000556147 2880 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 LHCGR-201ENST00000294954 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 TUNAR-201ENST00000503525 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 PIP5K1B-208ENST00000541509 2664 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 MEST-206ENST00000416162 2158 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 PSEN2-202ENST00000366783 2306 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 MAGED4B-211ENST00000497164 2482 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 EPHB3-201ENST00000330394 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 CILP2-201ENST00000291495 4199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 MDM1-203ENST00000393543 2718 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 AC020915.4-201ENST00000597230 2708 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 PAX8-204ENST00000397647 3633 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 DNAAF5-202ENST00000403952 1907 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 WNT7B-201ENST00000339464 3919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 GNG12-AS1-201ENST00000413628 2058 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 TNN-202ENST00000621086 4234 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 DEK-202ENST00000397239 3427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 IFT57-201ENST00000264538 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 GCKR-201ENST00000264717 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
BRPF3Q9ULD4 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.9 ms