Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 AC093627.5-203ENST00000497320 746 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RCC2P8-201ENST00000502779 1035 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC019193.1-201ENST00000506678 823 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 GATD1-205ENST00000524550 995 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC009779.1-201ENST00000551138 283 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC127024.2-201ENST00000581019 789 ntTSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RN7SL555P-201ENST00000584742 339 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SMIM22-209ENST00000591870 355 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RN7SL736P-201ENST00000613111 269 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AP001043.1-205ENST00000623098 1033 ntTSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 HLA-C-210ENST00000640219 976 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MPZL2-202ENST00000438295 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AL136172.1-201ENST00000598590 1394 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CDK3-202ENST00000448471 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FAM45A-201ENST00000361432 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ATP6V0E2-207ENST00000479613 1666 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MAGEA1-201ENST00000356661 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 EVA1A-202ENST00000393913 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SEZ6L-209ENST00000529632 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SYNPO2L-202ENST00000394810 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ADAMTSL1-204ENST00000380545 1562 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FAM90A7P-201ENST00000382628 1395 ntBASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MYADM-202ENST00000391768 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FAM90A23P-201ENST00000400136 1395 ntBASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AL157407.1-201ENST00000435784 904 ntBASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC098935.1-201ENST00000446057 611 ntBASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 NDUFC2-KCTD14-202ENST00000530054 656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC117500.3-201ENST00000537032 666 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SNHG1-213ENST00000540725 1374 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ANKRD11-208ENST00000563291 593 ntTSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AL645941.3-201ENST00000580587 577 ntTSL 4 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 TPGS2-209ENST00000589049 1102 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MRPL37P1-201ENST00000592451 1337 ntBASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC006064.4-201ENST00000602946 422 ntTSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC018635.2-201ENST00000608625 364 ntBASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PAK2-201ENST00000327134 6139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC011899.2-202ENST00000438047 4302 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AL928654.2-201ENST00000551271 2279 ntTSL 3 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 DLG1-AS1-202ENST00000430666 1694 ntTSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 NELFE-201ENST00000375425 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 UBXN11-207ENST00000374223 1312 ntTSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CTSW-204ENST00000528419 1341 ntTSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MYL12B-201ENST00000237500 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 KRTAP19-7-201ENST00000334849 440 ntAPPRIS P1 BASIC14.78□□□□□ -0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms