Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 GDNF-207ENST00000515058 764 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC010632.2-201ENST00000588369 1224 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RPS5-204ENST00000598098 536 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AL078590.3-205ENST00000606039 465 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ING4-207ENST00000446105 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 FP565260.6-203ENST00000620015 1435 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 GPSM3-209ENST00000487761 1460 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ACTG1P17-202ENST00000560958 1662 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SSBP1-201ENST00000265304 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CRYGC-201ENST00000282141 629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 JTB-202ENST00000356648 1040 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ATP5S-203ENST00000358473 801 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CACNG7-202ENST00000391766 631 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ACTG2-204ENST00000409918 927 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CXorf40A-205ENST00000423540 1208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AL158166.1-201ENST00000433110 371 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ST13P19-201ENST00000442505 1124 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 APCDD1L-AS1-206ENST00000445984 566 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 APCDD1L-AS1-208ENST00000448374 546 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RGS5-216ENST00000449680 788 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LINC02228-201ENST00000507600 534 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MSC-AS1-204ENST00000518916 864 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC105219.2-201ENST00000527908 299 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC090001.1-201ENST00000553194 467 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SNHG21-204ENST00000559366 674 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC124068.2-202ENST00000562356 612 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC124068.2-201ENST00000569473 1109 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NAA38-205ENST00000575771 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AP005264.6-204ENST00000588436 719 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CYP4F36P-201ENST00000589193 186 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SIGLEC22P-201ENST00000599104 714 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RPL18A-204ENST00000599898 491 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC006483.2-201ENST00000609813 515 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AL118522.1-201ENST00000611368 560 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 EFHC1-227ENST00000637089 2133 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC011287.1-201ENST00000639998 1349 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AP002353.1-201ENST00000528257 1599 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 COX14-201ENST00000317943 708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CDKN2C-202ENST00000371761 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC108734.2-201ENST00000420887 1069 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ACYP2-204ENST00000422521 1115 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AL391832.2-203ENST00000423175 554 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 HMGB3-204ENST00000448905 812 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC026470.1-201ENST00000478038 846 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CISD2-202ENST00000503643 808 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC005845.1-201ENST00000539206 653 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 DUXAP9-201ENST00000547220 665 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NACA-221ENST00000552540 1074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TGFB3-204ENST00000556285 1280 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ABHD17AP9-201ENST00000561925 548 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC103808.3-201ENST00000579714 598 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms