Protein–RNA interactions for Protein: P43378

PTPN9, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 9, humanhuman

Predictions only

Length 593 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN9P43378 BBS1-202ENST00000393994 1790 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 ARMCX1-201ENST00000372829 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 CDKN1A-208ENST00000615513 2102 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 AL358216.1-201ENST00000451601 1657 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 EPB41L3-201ENST00000341928 4706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 COMP-201ENST00000222271 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 LAP3-210ENST00000606142 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 RASGRF2-206ENST00000638442 2842 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 SLC24A3-201ENST00000328041 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 SUMO1-204ENST00000409181 784 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 SUMO1-207ENST00000409498 779 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 RPARP-AS1-201ENST00000473970 1297 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 TGFBR2-202ENST00000359013 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 CHPF2-204ENST00000495645 2709 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 PDE3A-201ENST00000359062 7576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 AC118344.1-201ENST00000378432 1462 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 HBP1-201ENST00000222574 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 NFATC4-221ENST00000555453 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 UNQ6494-202ENST00000617436 2163 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 ELF3-202ENST00000367283 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 FAM198B-203ENST00000585682 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 USP28-214ENST00000545540 3431 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 GPRC5C-202ENST00000392627 2988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 GTF2H2C-210ENST00000510979 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 ADGRG2-207ENST00000379869 4768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 CBX3-201ENST00000337620 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 GRIN2A-201ENST00000330684 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 LINC00163-201ENST00000434081 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 RBM38-204ENST00000371219 760 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 NPIPB11-202ENST00000614927 1216 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 PDHX-201ENST00000227868 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 WARS-203ENST00000358655 2466 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 LINC00658-202ENST00000420529 1542 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 HSPA7-201ENST00000445535 1927 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 DDX49-214ENST00000629999 1912 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 RN7SL832P-201ENST00000607781 1756 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PTPN9P43378 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms