Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 DKKL1-202ENST00000594268 524 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TMEM258-207ENST00000543510 1692 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ARRDC4-201ENST00000268042 4072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SLC4A7-210ENST00000440156 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ALDH1A3-202ENST00000346623 3104 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 FAM90A1-203ENST00000538603 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CSRP1-202ENST00000367306 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SNX30-201ENST00000374232 7622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SMG9-211ENST00000601170 2387 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TGM6-202ENST00000381423 2158 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SETD6-203ENST00000394266 3423 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 LONP1-202ENST00000540670 3002 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIG1P18858 MYD88-203ENST00000417037 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
LIG1P18858 HSD17B4-222ENST00000515320 2494 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC007603.1-201ENST00000563124 2085 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CELF1-214ENST00000531165 3650 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 STAG3L2-201ENST00000426587 2130 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ATXN2L-204ENST00000382686 3739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SFXN3-201ENST00000224807 3089 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 DDX41-208ENST00000507955 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL139260.2-201ENST00000622355 2171 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 OR10AC1-201ENST00000439431 2898 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TMEM191A-209ENST00000452055 788 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CEP76-201ENST00000262127 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SEPT9-220ENST00000588690 2919 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PALD1-201ENST00000263563 4555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SIGLECL1-208ENST00000614422 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PITRM1-206ENST00000451104 3183 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ARNT2-204ENST00000527771 2458 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TDRD12-202ENST00000444215 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ALDH8A1-204ENST00000367847 1587 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ATP6V0A4-201ENST00000310018 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ELAC2-201ENST00000338034 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PAPSS2-201ENST00000361175 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AP4E1-201ENST00000261842 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HAND2-AS1-202ENST00000502896 5278 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PRKD1-209ENST00000616995 3498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 GGT5-202ENST00000327365 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MLXIPL-201ENST00000313375 3278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MLXIPL-206ENST00000434326 3252 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FAM46C-201ENST00000369448 5751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL590132.1-202ENST00000638983 4184 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TJP2-208ENST00000535702 3984 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RLF-201ENST00000372771 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PCDHA9-202ENST00000532602 6293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ECE1-201ENST00000264205 2381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 POLM-203ENST00000395831 2380 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 APBB3-201ENST00000354402 1810 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC090505.1-201ENST00000430515 1834 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ZNF607-201ENST00000355202 4364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms