Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL359915.2-205ENST00000418015 1529 ntTSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 FAH-201ENST00000261755 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PPP1CB-203ENST00000395366 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 DCHS1-201ENST00000299441 10765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CHIA-206ENST00000430615 1320 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 FRMD3-202ENST00000328788 964 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 DKFZp779M0652-201ENST00000378779 649 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SNHG17-201ENST00000413755 648 ntTSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC012506.3-201ENST00000415245 892 ntTSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RN7SL720P-201ENST00000488178 304 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 LINC02332-201ENST00000557232 386 ntTSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC013355.1-201ENST00000562625 723 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RN7SL774P-201ENST00000577467 290 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC011447.3-201ENST00000590606 722 ntTSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 BNIP3P13-201ENST00000599968 566 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC068790.8-201ENST00000618862 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TEX13C-201ENST00000632600 5095 ntAPPRIS P1 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KCNQ4-201ENST00000347132 4099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ADGRB2-205ENST00000398547 4857 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RP1L1-202ENST00000382483 7973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SRD5A3-201ENST00000264228 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CRTC1-202ENST00000338797 6929 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 IPO8-201ENST00000256079 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 LAMB2-202ENST00000418109 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AFDN-205ENST00000392108 6812 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CHRNA7-201ENST00000306901 6181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SLC25A26-201ENST00000336733 1023 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 BX324167.1-201ENST00000451118 805 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TUBB8P8-201ENST00000458717 1058 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 EIF3M-203ENST00000524896 1207 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CATSPERZ-203ENST00000539943 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC068152.1-201ENST00000575930 685 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 L34079.1-201ENST00000594374 393 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TUBB4A-212ENST00000601152 590 ntTSL 4 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL645939.5-201ENST00000606834 243 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 LINC01672-205ENST00000635092 633 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ASAP1-202ENST00000518721 5507 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SETD1A-201ENST00000262519 6451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TMTC1-207ENST00000552618 3915 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 NUP210-201ENST00000254508 7193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KRT8P19-201ENST00000551916 1455 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MLF1-216ENST00000618075 2116 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ANXA6-202ENST00000377751 1430 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RNF170-209ENST00000534961 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 UGT3A1-204ENST00000507113 1650 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
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