Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 AC010531.8-201ENST00000623341 685 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 ESR1-214ENST00000638569 132 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SARS-202ENST00000369923 1882 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 COQ4-201ENST00000300452 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LPCAT4-209ENST00000617710 1719 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 IQCF4-202ENST00000422896 745 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 GRAMD1A-203ENST00000424536 808 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 GOLGA6L16P-201ENST00000441780 1299 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 RN7SL578P-201ENST00000477781 283 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CHTF8-207ENST00000520529 475 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 NDUFB10P1-201ENST00000567319 521 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 ANKRD26P1-203ENST00000569528 966 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MIR4746-201ENST00000579802 71 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC008906.2-201ENST00000606656 474 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 GNG14-201ENST00000640117 210 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 IZUMO1-201ENST00000332955 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SVOPL-203ENST00000421622 1653 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 BCAR3-210ENST00000539242 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TRIM3-215ENST00000639856 2137 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 IZUMO1R-201ENST00000328458 798 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 IGHV4-39-201ENST00000390619 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LINC00483-202ENST00000419688 558 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 KRT8P30-201ENST00000432100 650 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 STK24P1-201ENST00000455035 1291 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 RN7SL767P-201ENST00000493013 295 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 RHOH-206ENST00000505618 1225 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SEPHS2P1-201ENST00000511618 1162 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LY6E-215ENST00000523847 427 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 VENTXP3-201ENST00000546480 773 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AL031705.1-201ENST00000566922 682 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
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CHD9Q3L8U1 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC109466.1-209ENST00000486913 1618 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CRYM-202ENST00000543948 1400 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 HTR3D-201ENST00000334128 1459 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CMTM1-201ENST00000328020 981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CMTM1-202ENST00000332695 624 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CMTM1-205ENST00000379500 1064 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC073210.1-201ENST00000414799 232 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CMTM1-209ENST00000528324 749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CMTM1-217ENST00000533666 493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
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CHD9Q3L8U1 AL512310.10-201ENST00000555580 563 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
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CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.200-201ENST00000622073 282 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
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CHD9Q3L8U1 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CCL5-201ENST00000603197 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
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CHD9Q3L8U1 CCNG2-202ENST00000395640 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CHRNA1-205ENST00000409542 1460 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 PSAT1P2-201ENST00000426107 972 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC023825.2-201ENST00000562970 672 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 DRG2-220ENST00000583355 891 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 ANXA8L1-206ENST00000619162 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LINC00479-201ENST00000412102 2033 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MRPS10-201ENST00000053468 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CYB561A3-203ENST00000447532 1803 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CNBP-205ENST00000500450 1516 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC022080.1-201ENST00000366255 781 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 HLA-DMA-202ENST00000395303 1007 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 Z95624.1-201ENST00000413528 628 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AL773545.2-201ENST00000442149 472 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
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