Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 IQCE-216ENST00000611775 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 MYLIP-201ENST00000349606 2796 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 RUSC1-204ENST00000368352 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 SIPA1-203ENST00000527525 3235 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 SGK2-204ENST00000373100 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 NFE2L2-202ENST00000397063 2651 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 ELF3-202ENST00000367283 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 GSG1L-203ENST00000447459 4916 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 FAM198B-203ENST00000585682 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 HBP1-201ENST00000222574 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 AGPAT1-205ENST00000395497 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 TRIM46-210ENST00000545012 2979 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 MAPKAP1-204ENST00000373498 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 PSEN2-201ENST00000366782 2465 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 PDE8B-203ENST00000340978 3426 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 HDAC11-213ENST00000437379 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 CRMP1-205ENST00000512574 2764 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 PHKG1-210ENST00000537360 2139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 CNPY1-203ENST00000636372 2259 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 STIP1-203ENST00000358794 2743 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 RBBP4-204ENST00000414241 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 SLC25A18-201ENST00000327451 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 GIT1-211ENST00000581348 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 LARGE1-201ENST00000354992 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 ZNF664-202ENST00000392404 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 NDRG4-217ENST00000562999 2931 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 STRADA-221ENST00000582137 1238 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 PODN-207ENST00000618387 3065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 SRD5A3-201ENST00000264228 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 DDN-201ENST00000421952 3749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 LINC01648-201ENST00000445180 1519 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 GOLGA2-212ENST00000609374 2973 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 ATP6V1H-201ENST00000355221 2365 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 EXO5-201ENST00000296380 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 DDX49-214ENST00000629999 1912 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 CDH16-209ENST00000570262 2604 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 KCNT1-209ENST00000490355 3708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 ARVCF-203ENST00000406259 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 MKNK1-204ENST00000371946 2719 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 NAALADL1-202ENST00000355721 2100 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 BAK1-201ENST00000360661 2132 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 PRKD1-209ENST00000616995 3498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 CSAD-203ENST00000379846 1962 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 SPOCK3-202ENST00000357545 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 KCNC2-202ENST00000350228 3344 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 DHRS4-AS1-204ENST00000555045 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 MED15-203ENST00000382974 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 CRLS1-201ENST00000378863 3958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 TJP2-208ENST00000535702 3984 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 ATP2C1-214ENST00000508532 4969 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 DMTN-201ENST00000265800 2554 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 DMTN-207ENST00000517305 2551 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 PPIL6-202ENST00000424445 4031 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 BBS1-202ENST00000393994 1790 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 AC093520.1-201ENST00000567545 1767 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 ICA1-207ENST00000406470 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 HLA-DQB1-205ENST00000434651 1642 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 ILDR1-205ENST00000462014 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
USP28Q96RU2 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73 ms