Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CRYL1-201ENST00000298248 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC004223.3-201ENST00000593039 1638 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LINC00339-208ENST00000634934 1518 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LAIR2-201ENST00000301202 699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PRG2-201ENST00000311862 1424 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CABP1-203ENST00000351200 770 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ADARB2-AS1-201ENST00000381301 625 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TP53I3-203ENST00000407482 747 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ZNF226-203ENST00000413984 716 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PEX13-203ENST00000414712 1014 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 MIR4435-2HG-204ENST00000419736 777 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AL139125.1-201ENST00000420395 557 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AL592076.1-201ENST00000424448 303 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AL161932.2-201ENST00000435436 679 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TAC3-208ENST00000441881 731 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC105389.3-201ENST00000508038 907 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LINC01598-205ENST00000508763 719 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC005586.2-201ENST00000563946 837 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 IGFLR1-211ENST00000592889 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC104506.1-201ENST00000609247 429 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 APBB1-220ENST00000609331 1574 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PRAMEF8-202ENST00000614831 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TAC3-211ENST00000615887 1120 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PRAMEF7-202ENST00000616979 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 FP565260.6-203ENST00000620015 1435 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CEP295NL-201ENST00000322630 2090 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AGGF1P1-201ENST00000509500 2073 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CD3EAP-202ENST00000589804 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 GPKOW-201ENST00000156109 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PAX7-202ENST00000400661 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ABHD16A-202ENST00000440843 1906 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 HFE-201ENST00000309234 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 RASSF3-202ENST00000336061 1030 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SAPCD1-208ENST00000415669 916 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC098934.1-204ENST00000430114 631 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AL136361.1-201ENST00000435429 506 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC098935.1-201ENST00000446057 611 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 UPK1B-205ENST00000497685 981 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 LINC00461-207ENST00000506978 564 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 NKX3-1-202ENST00000523261 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 PPFIBP1-204ENST00000535047 875 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC025154.2-201ENST00000550530 445 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC099811.3-201ENST00000586351 425 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 Metazoa_SRP.65-201ENST00000615602 264 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 YRDCP1-201ENST00000621419 643 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 SNX1-214ENST00000625244 324 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 EFHC1-227ENST00000637089 2133 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 UBE3C-202ENST00000389103 1626 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 HTR3A-202ENST00000355556 2331 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC215219.1-201ENST00000400706 1817 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ELF3-202ENST00000367283 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 DNAI1-209ENST00000614641 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC021683.1-201ENST00000585798 1767 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 AC013472.1-203ENST00000380387 1966 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 MTMR9-202ENST00000526292 1960 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ZNF79-202ENST00000543471 2194 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 ZNF79-203ENST00000612342 2192 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
TRIM28Q13263 CYP20A1-203ENST00000429815 1812 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
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