Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 SLC19A2-201ENST00000236137 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SFSWAP-201ENST00000261674 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
LIG1P18858 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SYT9-201ENST00000318881 3955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TYK2-210ENST00000529370 3176 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
LIG1P18858 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SMARCA2-203ENST00000349721 5761 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC025171.1-202ENST00000499871 2271 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CCDC47-201ENST00000225726 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AGGF1P1-201ENST00000509500 2073 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SEPT7-201ENST00000350320 4350 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 RALGPS2-204ENST00000367635 5834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 EXO5-201ENST00000296380 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PSEN2-201ENST00000366782 2465 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 STIP1-203ENST00000358794 2743 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 IFNAR1-201ENST00000270139 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TPM3-206ENST00000330188 2108 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 HSDL2-202ENST00000398805 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PAPSS2-202ENST00000456849 3856 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SPAG9-222ENST00000618113 8246 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SPOCK3-210ENST00000506886 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PDPK1-202ENST00000342085 7241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CSF1-201ENST00000329608 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 RGS3-208ENST00000394646 2716 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NATD1-201ENST00000611551 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SLC26A1-201ENST00000361661 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PRDM4-201ENST00000228437 4210 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 WHRN-202ENST00000362057 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ATXN7-201ENST00000295900 7224 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ALDH3B1-201ENST00000342456 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PCNX1-202ENST00000439984 6988 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TARS2-203ENST00000369054 1998 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC016397.2-201ENST00000624848 1985 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NFE2L2-202ENST00000397063 2651 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 OR2V1-202ENST00000641318 2665 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SLCO4C1-201ENST00000310954 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ENDOD1-201ENST00000278505 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ZNF239-203ENST00000426961 2027 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PLAT-205ENST00000519510 2030 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 DNM1P51-202ENST00000558801 8752 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CYP1B1-205ENST00000610745 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LIG1P18858 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 ELN-203ENST00000320492 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SPATS2-203ENST00000547865 1810 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 AC007240.1-201ENST00000641498 1996 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TRAFD1-201ENST00000257604 3178 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 PROM2-203ENST00000403131 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIG1P18858 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.4 ms