Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMA1Q9UHB6 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMA1Q9UHB6 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.1 ms