Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIG3P49916 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG3P49916 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG3P49916 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG3P49916 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG3P49916 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG3P49916 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG3P49916 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG3P49916 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG3P49916 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIG3P49916 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIG3P49916 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIG3P49916 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIG3P49916 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIG3P49916 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIG3P49916 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
LIG3P49916 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIG3P49916 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIG3P49916 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIG3P49916 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIG3P49916 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIG3P49916 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIG3P49916 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIG3P49916 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIG3P49916 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIG3P49916 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIG3P49916 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIG3P49916 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIG3P49916 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIG3P49916 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIG3P49916 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIG3P49916 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIG3P49916 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIG3P49916 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIG3P49916 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIG3P49916 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIG3P49916 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIG3P49916 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIG3P49916 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIG3P49916 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIG3P49916 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIG3P49916 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIG3P49916 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIG3P49916 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIG3P49916 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIG3P49916 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIG3P49916 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
LIG3P49916 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
LIG3P49916 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
LIG3P49916 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
LIG3P49916 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
LIG3P49916 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
LIG3P49916 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIG3P49916 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIG3P49916 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIG3P49916 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIG3P49916 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIG3P49916 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIG3P49916 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
LIG3P49916 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIG3P49916 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIG3P49916 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms