Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXA1P49639 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXA1P49639 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXA1P49639 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms