Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 DSE-202ENST00000359564 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 WNT3A-201ENST00000284523 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 APAF1-201ENST00000333991 4539 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MKNK1-204ENST00000371946 2719 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MRC2-202ENST00000446119 3201 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CALCB-203ENST00000533448 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ARFGAP1-202ENST00000370275 3467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AKAP2-203ENST00000434623 4400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 GPAT2-202ENST00000434632 3061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CHRNB4-201ENST00000261751 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AL139260.2-201ENST00000622355 2171 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ITGB2-203ENST00000355153 2913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MLXIPL-205ENST00000429400 3173 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SPIDR-201ENST00000297423 3988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 KIFC3-207ENST00000543930 3018 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PAK1-201ENST00000278568 2543 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SIGLEC16-202ENST00000602139 2510 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MLF1-217ENST00000619577 2290 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 RBBP4-204ENST00000414241 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC093520.1-201ENST00000567545 1767 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AL035588.1-201ENST00000438967 408 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 STRADA-221ENST00000582137 1238 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ILK-201ENST00000299421 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CDH20-202ENST00000536675 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 JKAMP-207ENST00000554271 2137 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CEP295NL-205ENST00000619342 1866 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ANKMY1-204ENST00000391987 3221 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 GSN-209ENST00000449733 2702 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ASPH-214ENST00000519234 2874 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SLC38A9-202ENST00000396865 2927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CREB3L4-202ENST00000368600 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ITSN1-210ENST00000399353 3913 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PGLYRP4-202ENST00000368739 2116 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MPP2-214ENST00000523501 2121 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TCAM1P-207ENST00000485295 1537 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 GSG1L-203ENST00000447459 4916 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AGPAT3-218ENST00000546158 2199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ZNF362-205ENST00000539719 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CICP16-201ENST00000502609 2813 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SPATA3-204ENST00000433428 856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TMEM198B-204ENST00000484016 896 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC131206.1-201ENST00000538078 1211 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MARK4-202ENST00000300843 5209 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AAK1-202ENST00000409068 2606 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PEX5-207ENST00000455147 2689 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NT5C3A-213ENST00000610140 1670 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 FAM160A2-202ENST00000449352 3354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ZKSCAN4-201ENST00000377294 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SMG9-211ENST00000601170 2387 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TGIF2-202ENST00000373874 3432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AL136172.1-201ENST00000598590 1394 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms