Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 TOMM22-201ENST00000216034 2040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AC013472.1-203ENST00000380387 1966 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 C1orf228-218ENST00000458657 1818 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 COPS7B-205ENST00000409295 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 PGAP2-208ENST00000464229 863 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 HOXB-AS3-206ENST00000474040 741 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AP001160.1-201ENST00000535817 565 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 LGALS3-204ENST00000554715 916 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 CRTC3-AS1-202ENST00000559531 657 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AC006435.2-201ENST00000574290 846 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 LDLRAD4-208ENST00000586765 844 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 ZNF586-204ENST00000598183 603 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 ELF3-202ENST00000367283 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 PPT1-205ENST00000449045 1957 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AC064801.2-201ENST00000625052 1303 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 RPAIN-201ENST00000327154 815 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 IGF2-201ENST00000381389 1023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AC098934.1-204ENST00000430114 631 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 HCFC1-AS1-201ENST00000438219 350 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 RN7SL277P-201ENST00000481521 288 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AC091179.2-201ENST00000495536 532 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AC025154.2-201ENST00000550530 445 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 EAF1-AS1-208ENST00000608408 770 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 PRKAB1-210ENST00000630317 258 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 ORMDL3-202ENST00000394169 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 PLAT-205ENST00000519510 2030 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 HTR3A-202ENST00000355556 2331 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 CCNH-201ENST00000256897 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 DNAJC7-202ENST00000426588 1774 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 MRPL19-201ENST00000358788 693 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AC004973.1-201ENST00000413240 635 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 LRRC75A-AS1-209ENST00000481027 1016 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 RHEB-207ENST00000496004 744 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 CD164-210ENST00000512821 964 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AL049833.2-202ENST00000556773 626 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 STRADA-221ENST00000582137 1238 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 LRRC75A-AS1-226ENST00000582911 879 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 GHRHR-212ENST00000611037 923 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 ZNF174-201ENST00000268655 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 ARHGAP25-216ENST00000497079 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 ZNF79-202ENST00000543471 2194 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 ZNF79-203ENST00000612342 2192 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 EFHC1-227ENST00000637089 2133 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 HIST1H2AG-201ENST00000359193 2250 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 HFE-201ENST00000309234 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 GAD1-201ENST00000344257 1029 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 PPDPF-202ENST00000370179 868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 GSTP1-201ENST00000398603 700 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 SLC13A3-205ENST00000417157 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 NUBP1-202ENST00000433392 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 AL080250.1-201ENST00000438676 445 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 DUTP3-201ENST00000450025 415 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 TMEM218-205ENST00000527271 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 ORAOV1-209ENST00000538554 1000 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 AC092139.2-201ENST00000563750 754 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 AL022344.2-201ENST00000568976 968 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 NAT9-220ENST00000582870 896 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 ZNF350-AS1-202ENST00000600253 577 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 FXYD6-FXYD2-202ENST00000614497 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 AC009145.4-201ENST00000625119 1294 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 KLK6-201ENST00000310157 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 HOGA1-203ENST00000370647 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 TMPRSS2-201ENST00000332149 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 ATP6V1C1-202ENST00000518738 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TCOF1Q13428 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
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