Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL121944.1-201ENST00000605945 686 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CRK-201ENST00000300574 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 STAMBPL1-204ENST00000371927 4184 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TBC1D8-202ENST00000409318 3803 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 UGT3A1-204ENST00000507113 1650 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC11.65□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PAK6-202ENST00000455577 4215 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 MYLK-203ENST00000359169 7585 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TICRR-202ENST00000560985 6656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 GRN-222ENST00000639447 1314 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AP002414.2-201ENST00000591780 3365 ntBASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 JADE2-203ENST00000395003 6465 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PGBD5-202ENST00000525115 1569 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FHDC1-202ENST00000511601 6583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SALL3-205ENST00000575389 3996 ntTSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CTNNBIP1-202ENST00000377258 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SLC25A24P2-201ENST00000415059 510 ntBASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 MTX1P1-201ENST00000440904 838 ntBASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ARTN-209ENST00000479128 471 ntTSL 3 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC006487.1-201ENST00000514506 1221 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ACR-203ENST00000529621 708 ntTSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 IL32-218ENST00000530890 774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ECM1P1-201ENST00000604092 1279 ntBASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 APAF1-201ENST00000333991 4539 ntTSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HIC2-202ENST00000407598 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KCNT1-212ENST00000628528 7057 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AL354989.2-201ENST00000435838 1540 ntBASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KCNC1-201ENST00000265969 4295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KDM6B-201ENST00000254846 6713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AGRN-201ENST00000379370 7323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.3 ms