Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 KLHL7-204ENST00000410047 1233 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AL512622.1-202ENST00000443922 478 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC011247.2-201ENST00000457097 233 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MRPL43-211ENST00000477279 903 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AADACL2-AS1-202ENST00000483843 628 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ALG1L3P-201ENST00000503331 765 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AP004550.1-201ENST00000532652 514 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC079174.1-201ENST00000552486 312 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ACSM5-206ENST00000575584 1130 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AL118522.1-201ENST00000611368 560 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC019109.1-201ENST00000401725 1874 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ATF4-203ENST00000404241 1910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 RPRD2-201ENST00000369067 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TREM2-202ENST00000373113 1044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 COLEC11-204ENST00000402794 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AL451000.1-201ENST00000451300 1186 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC068831.5-201ENST00000557387 328 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PPCDC-206ENST00000564923 757 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LINC01082-201ENST00000601250 441 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AL160191.2-201ENST00000603975 601 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ZDHHC6-201ENST00000369404 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PAX7-202ENST00000400661 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PPHLN1-223ENST00000610488 1521 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PPM1L-201ENST00000295839 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ATF4-202ENST00000396680 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PTTG1IP-202ENST00000397886 755 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC073869.2-201ENST00000417338 1026 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AP005899.1-201ENST00000579467 544 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC006547.3-201ENST00000600090 583 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ANKRD20A21P-201ENST00000611282 517 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC021683.1-201ENST00000585798 1767 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PAK1-201ENST00000278568 2543 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AL136172.1-201ENST00000598590 1394 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MFNG-202ENST00000416983 2034 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CSAG1-203ENST00000370291 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 IGF2-201ENST00000381389 1023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 KRTAP2-2-201ENST00000398477 733 ntAPPRIS P2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 HIST1H3B-201ENST00000621411 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 HCG27-201ENST00000383331 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LINC01285-201ENST00000412422 2289 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ZNF417-203ENST00000595559 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 INHBE-201ENST00000266646 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SH3KBP1-201ENST00000379697 1944 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MSANTD2P1-201ENST00000445341 1368 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PNPLA5-204ENST00000593866 2197 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MRPL35-201ENST00000254644 1061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 RLN3-201ENST00000431365 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MFAP3-202ENST00000439768 1186 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC068057.1-201ENST00000453322 709 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 KLF3-AS1-203ENST00000504219 627 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 NUDCD2-202ENST00000517501 448 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LINC01500-204ENST00000556815 752 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC009163.3-201ENST00000563554 852 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AL137793.2-201ENST00000632635 659 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LACTB2-201ENST00000276590 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MS4A15-201ENST00000337911 1536 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
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