Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LINC01230-201ENST00000625222 3017 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RAB37-206ENST00000392615 2655 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RAD51D-203ENST00000394589 2287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 EPAS1-201ENST00000263734 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TTLL10-AS1-201ENST00000379317 3532 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LINC01184-204ENST00000501702 2977 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 BIRC5-203ENST00000374948 2446 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PRKD2-202ENST00000433867 3321 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 NDFIP2-205ENST00000612570 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MLLT11-201ENST00000368921 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 DLGAP1-213ENST00000534970 2365 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 DUSP27-201ENST00000271385 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 UBA1-201ENST00000335972 3559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SPATA16-201ENST00000351008 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 KIAA0319-201ENST00000378214 6802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ADAM15-204ENST00000359280 2874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SERP1-201ENST00000239944 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CACTIN-203ENST00000429344 3612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CLCNKA-201ENST00000331433 2475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PYGM-202ENST00000377432 2611 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 POU5F1-204ENST00000471529 1723 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PCDHB16-201ENST00000609684 5001 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 INHBA-205ENST00000638023 2002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MBNL1-205ENST00000355460 5941 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ITGAM-202ENST00000544665 4718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SOX7-201ENST00000304501 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 GPRC5C-202ENST00000392627 2988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TARSL2-201ENST00000335968 3610 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 WARS2-202ENST00000369426 2811 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MAGED4B-202ENST00000360134 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CYP26A1-202ENST00000371531 2245 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SYNGR1-203ENST00000328933 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ZNF74-209ENST00000611540 3714 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 KIAA1211L-201ENST00000397899 3907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ACAN-202ENST00000439576 8840 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TNFAIP8L3-201ENST00000327536 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46 ms