Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ADAM15-201ENST00000271836 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 GRM7-215ENST00000486284 4241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 POLR2B-205ENST00000441246 3839 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 USP10-201ENST00000219473 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 GREM1-202ENST00000560830 2648 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ATG4B-206ENST00000405546 3294 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FAM219A-204ENST00000379081 3543 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 HTR7-202ENST00000336152 3126 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 UBE3A-220ENST00000630424 5075 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AKAP7-204ENST00000431975 2954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RPP14-202ENST00000445193 7985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CDCA2-201ENST00000330560 3731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PLLP-205ENST00000613167 7578 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CYB561D1-204ENST00000420578 3326 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC114490.1-201ENST00000417456 3163 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 KRBOX4-202ENST00000344302 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PML-208ENST00000436891 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RIC1-201ENST00000251879 4127 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 GAD2-203ENST00000376261 5858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FES-203ENST00000394302 2133 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SYP-201ENST00000263233 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CHRNA7-201ENST00000306901 6181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AP001267.2-201ENST00000532619 2086 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PODN-202ENST00000371500 3287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TRPM1-203ENST00000542188 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 XPNPEP1-218ENST00000502935 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 EIF3J-AS1-201ENST00000313807 2863 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MFRP-201ENST00000360167 1663 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 C15orf59-204ENST00000569673 6573 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 GATA3-202ENST00000379328 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ESRP2-202ENST00000473183 3793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RPS6KC1-207ENST00000543470 4227 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FBN3-205ENST00000600128 9362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC117489.1-201ENST00000625169 3217 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 STEAP2-201ENST00000287908 6873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FBXO3-203ENST00000526785 5798 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 UMODL1-206ENST00000408989 5262 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CCDC180-210ENST00000529487 5242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CACNA2D1-201ENST00000356253 3858 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LGALS8-203ENST00000341872 2437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ARHGAP6-204ENST00000380718 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AJUBA-201ENST00000262713 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TMPRSS6-204ENST00000406856 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 UNC5A-201ENST00000329542 3812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TFAP2A-213ENST00000482890 2071 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FGR-203ENST00000374005 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TRMT1-201ENST00000221504 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PFKFB4-201ENST00000232375 3586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 COMP-201ENST00000222271 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC126335.2-201ENST00000623362 4637 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms