Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC39Q9UFE4 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms