Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC3Q9BQI4 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms