Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN2AQ99250 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
SCN2AQ99250 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN2AQ99250 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN2AQ99250 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN2AQ99250 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN2AQ99250 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN2AQ99250 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN2AQ99250 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SCN2AQ99250 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN2AQ99250 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SCN2AQ99250 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms