Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRERF1Q96PN7 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.84
TRERF1Q96PN7 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRERF1Q96PN7 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms